L’azienda nasce nel 1996, cambiando nome da quello precedentemente utilizzato, ACT, che si occupava dei trasporti pubblici fin dalla fine degli anni 1960 (a sua volta nata dalla STS, Società Tranvie della Sardegna, operativa fin dalla fine dell’800).

Nel 1998 l’azienda si impegna a riorganizzare l’intero servizio: vengono create nuove linee e circolari, alcune linee vengono soppresse o accorpate e altre vengono modificate e allungate; vengono acquistati 4 autosnodati urbani (i primi a Cagliari) e 52 nuovi autobus, che vanno a sostituire mezzi ormai obsoleti. Viene ripristinato il servizio filoviario sulla linea 5, soppresso nella primavera del 1990, con alcune modifiche di tracciato (la linea verrà allungata più volte nel corso degli anni successivi), e vengono modificati i percorsi delle grandi circolari filoviarie 30 e 31 in comune di Quartu; i mezzi in servizio vengono completamente riammodernati e dotati di velette elettroniche con l’indicazione del percorso. Le frequenze di molte linee vengono incrementate. Viene avviato inoltre lo smantellamento della linea aerea filoviaria in disarmo, in deterioramento da diversi anni.

Nel 2000, dopo i primi quattro anni di attività nel settore durante i quali ha rinforzato i servizi offerti, si trasforma in Società per azioni. Inoltre sempre nello stesso periodo è iniziata da parte dell’azienda anche la gestione delle zone di sosta a pagamento delle città di Cagliari e, l’anno successivo, di Quartu Sant’Elena, attualmente non più in gestione a CTM.

Sempre a partire da quegli anni, l’azienda avvia una serie di nuovi progetti indirizzati a migliorare la qualità dei trasporti e rendere più tecnologico il servizio. Sono stati infatti acquistati autobus più moderni, tra i quali alcuni, gli ultimi modelli acquistati, comprendono anche il sistema di aria condizionata e la piattaforma per una salita e discesa più agevole di persone invalide, e sono stati installati nuovi cartelli tecnologici alle fermate che indicano l’ora di arrivo del mezzo atteso. Nel 2006 è partito inoltre il progetto Ctm open, grazie alla società romana Trambus Open, che consiste in un giro turistico per la città di Cagliari con una guida in un grande autobus scoperto a due piani.